與其他體系基本一樣。要進行能源因素的辨識，識別優先控制的能源因素，進行法律法規的識別，設立目標、指標，針對優控因素制定管理方案、應急預案等。編制能源體系管理手冊、程序性文件和作業指導書，可以和其他體系整合，完全融入到其他管理體系中，或直接在其他體系文件中增加能源管理的要求。然后就是運行控制，檢測能源績效，開展體系內審、管理評審等。在認證之前必須使體系運行3—6個月，進行了完整的內審與管理評審，并得到閉環。

需要向認證公司提交的資料有：能源管理體系手冊、程序性文件、企業合法經營證明、企業能源介質和耗能工質的種類、年使用量、企業規模、各工序的工序能耗、綜合能耗等。

一般情況下，各種能耗指標需要達到清潔生產的二級標準，否則不能通過。

具有能源體系認證資質的機構目前不多。由于是剛剛試點，目前具備資質的有31家認證機構。其中比較權威的是北京國金恒信管理體系認證有限公司、中國船級社質量認證公司、北京新世紀認證有限公司、中國質量認證中心等，每家機構都針對不同的行業，應按所屬行業選擇合適的認證機構。